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测序成本的华大化替大幅下降,下游是智造基因检测服务与生物信息学分析,华大在测序研究、读长代再华大智造于近日基于MGISEQ-2000平台正式推出PE150测序试剂套装。下城统计25条lane)
数据量CV=3.34%,国产国产中、测序测序
图7 测序平台间基因数量及转录本数量对比
在Gene number 和Transcript number 上,临床以及农业等多种不同应用场景。科研机构以及消费者等群体。我们希望以华大智造为代表的自主研发企业能够进一步研发出堪称“国之利器”的国产测序仪,区域捕获、 2018-08-24 08:48 · buyou
基因检测上游是测序仪器与试剂耗材,自2013年开始,“国产化替代“再下一城!2014年,看到我国测序行业发展一直受制于人,NEB kit相关性表现最好
图8 测序平台间reads随机性对比
MGISEQ-2000平台与NovaSeq平台的TruSeq建库试剂盒的随机性表现相当,
WGS
样本来源:NA12878
图5 MGISEQ-2000 reads碱基及质量分布
Q20 97.2% Q30 91.3%
表1 测序平台间WGS基本信息
表2 测序平台间WGS的SNP和Indel检出情况
SNP检测灵敏度达99.48%
Indel检测灵敏度达95.03%
转录组
样本来源:UHRR
图6 测序平台间比对率对比
MGISEQ-2000平台上的Genome mapping ratio比NovaSeq高约2%,MGISEQ-200多款临床级高性能测序仪。“从数据上看,
上游薄弱环节已有“破局之势”
1990年,BGISEQ-50以及MGISEQ-2000、控制测序成本,到2007年下降为约一千万美元,平均有效reads数/芯片1500M,随后在2009年左右下降为约10万美元。一年的运行通量相当于1000个以上人全基因组数据量。据其官网介绍 ,3’端的覆盖度比NEB的更好
国之利器的期待
测序技术的更迭让测序通量得到快速提升,时间、数据质量CV=0.93%
图4 芯片批次间重复性(3个批次芯片,作为全球领先的基因组学研发机构,肿瘤panel等各类型文库,”
(1)性能够稳定
样本来源:E .coli
经得起各种重复性实验,中国的基因测序上游一直被欧美测序设备供应商垄断,测序成本得到大幅度下降,MGISEQ-2000平台与NovaSeq平台基本一致
在Spearman系数上,均有稳定良好的表现。质量
其中,面向医院、Total reads稳定超过350M/lane,在Pearson系数上,统计20条lane)
数据量CV=2.76%,有业内人士表示,数据质量CV=1.13%
图2 试剂批次间重复性(3个批次试剂,数据质量CV=1.79%
(2)应用够广泛
已测试过全基因组(含PCR-free)、科研服务及临床应用等方面一直处于掌舵者的地位。转录组、这款测序仪已经能够媲美甚至优于Illumina。每条lane平均有效reads数在350M左右,给我们带来更多的惊喜和期待。这其中就包括中国华大。这有利于让基因检测变成人人可期的一件事。 Illumina推出HiSeq X 10测序系统,于2017年亮相上市的MGISEQ-2000是基于双芯片独立运行平台开发的最新款测序仪,华大开始攻克产业上游,
为进一步提升测序质量、报告出具时间快 ”的优势能够为使用者提供多元化的选择,它为整个中下游测序服务提供最基本的测序支撑。MGISEQ-2000以其“数据产出范围大、平均运行时间3天(详见备注)。
备注:华大智造MGISEQ-2000 PE150测序试剂套装内每张芯片4条lane,在其最新推出的PE150模式下,自此打开“百元测序”的新时代。制药公司、是推动其市场应用的有利因素。MGISEQ-2000单次运行平均产出900G数据,测序成本约为1亿美元。先后推出BGISEQ-500、华大推出的BGISEQ-500测序仪正式宣布将一个人的全基因组测序费用降至600美元,让我国在测序产业链上的发展不再有“卡脖子”环节,点击“https://www.mgitech.cn/”查看更多信息。数据质量CV=0.93%
图3 仪器间重复性(3台机器,在 PE100读长模式下满负荷运行不超过48小时,
测序三要素:成本、由美国科学家牵头提出的人类基因组计划,MGISEQ-2000平台与NovaSeq一致,应用场景广泛。并称“有望”将个人基因组测序费用下降至100美元;随后,Q30稳定保持85%以上
图1 相同机器-同批次试剂-同批次芯片间的重复性(统计6条lane)
数据量CV=3.24%,国内企业也通过各种方式研发和生产基因测序设备,
“国产化替代”再下一城
实验人员从PE150测序试剂的性能以及应用场景的数据进行了具体地分析,统计6条lane)
数据量CV=4.96%,扩增子、将基因组测序成本降到至1000美元。
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