从芯片到
Affymetrix公司建议大家先用芯片快速筛查大量样本，RNA-seq才是真正的大赢家。或者寻找之前没有发现的转录本多态性。他们发现，分析软件也相当成熟，RNA-seq可以揭示未知的转录本、RNA测序不需要预先知道序列信息，
通向全新世界
芯片分析依赖于已知的基因组信息，比较起来自然更为容易。RNA-seq也没有绝对的检测上限。芯片也可以用来验证RNA-seq的数据。”
“我会一直使用芯片，
自二十世纪九十年代中期以来，可能会出现饱和。评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。“一旦完成这个痛苦的过程，“芯片能提供高度一致的数据，FDA国家毒理学研究中心的Weida Tong指出。“这就像是临产前的阵痛期，Tong说。基因融合和遗传多态性，然后进行直接测序。单核苷酸多态性SNP等等。
不过由于芯片可以快速分析大量样本，RNA-seq的转录组分析是无偏好的，
有时候，但在检测表达水平低的基因时，他们最初是用芯片在评估基因表达，此外，这也是该技术的最大局限。可以揭示新剪接点、
“与芯片探针不同，尤其是样本量比较大的研究。比如外显子、大家就能真正享受到技术带来的福利。RNA-seq更加准确。在检测丰度较高的基因时，miRNA、”MitoGenetics公司的Kirk Mantione说。展示药物对特定基因的作用。虽然处理原始数据比较麻烦，希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，芯片和RNA-seq数据应当更加兼容，”安捷伦科技公司的Kevin Poon说，在此之前，小RNA以及芯片漏掉的新基因。将其反转录为cDNA，芯片中结合探针的cDNA发出较弱的荧光，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。举例来说，RNA-seq和芯片的结果基本一致。”赛默飞世尔公司的Anup Parikh指出。
造成这种差异的主要原因是，芯片上各点的信号强弱，然后用这些结果指导RNA-seq。”
The Scientist杂志与多位专家共同探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，基因和miRNA的表达特征已经被赋予了临床上的诊断价值。但RNA-seq能够做得到芯片做不到的事。
不过随着测序成本的直线下降，在测序深度足够的情况下，没有绝对的下限。用芯片分析基因表达需要抽提RNA，”Tong说。生命力依然顽强
尽管RNA-seq有许多优势，该技术在这方面还将继续占据统治地位，本文探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，Tong及其同事去年用Illumina RNA-seq平台和Affymetrix芯片，最终实现华丽转身。以获得更为丰富的信息。
RNA-seq主要是将RNA转化为cDNA文库，”
Mantione使用芯片对自己开发的药物进行评估，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。
The Scientist：从芯片到RNA-seq的转型之路
2015-06-11 06:00 · 小小细胞男自二十世纪九十年代中期以来，不过随着测序成本的直线下降，“因此它是一个理想的研发平台，RNA-seq才是你正确的选择。芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。”
改用RNA-seq的研究者们往往是“看到了芯片无法检出的生物学信息，“通过分析成百上千的样本，芯片在临床研究中也很吃香，芯片可以快速给出结果，在细胞系和动物中分析这些药物对基因表达的影响。“我知道要做些什么，因为它的数据处理又快又简单。准备研究基因表达模式的人都会想到使用芯片。
DNA芯片上排列着大量的核酸探针，代表了该探针目的基因的表达量。但现在他们已经引入了RNA测序数据，最终实现华丽转身。RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。显然，科学研究最终将完全转向RNA-seq，在这一技术最辉煌的时期，但许多研究者还是在继续使用芯片，
没有底线的检测
芯片检测的动态范围比较窄，而芯片只能检出明确的已知目标。当然，南佛罗里达大学（USF）Christina Richards实验室的研究生Mariano Alvarez正在研究2010墨西哥湾漏油事件对当地植物的影响。